马现仓教授团队与国内外重点实验室进行交流和联合培养。目前与重庆医科大学、浙江大学医学院以及深圳华大生命科学研究院开展长期合作与交流。马现仓教授于2016年在纽约州立大学布法罗大学进行访学，期间两次受邀前往波士顿Broad研究所交流，并相互达成合作意向，回国后双方立即开展合作研究，并与波士顿Broad研究所及精神疾病基因组学研究联盟合作建成精神疾病精准医学国际联合中心。2017年及2019年，美国哈佛大学、Broad研究所及Stanley精神疾病研究中心，Steven Hyman、Mark Daly、Aarno Veikko、Hailiang Huang、Ben Neale、Qian Pan教授等两度前来西安交通大学第一附属医院，进行学术及项目进展交流。

同时与美国哈佛大学Broad研究所、纽约州立大学精神卫生中心、杜克大学、布法罗大学、麻省总医院、Stanley研究中心、杰克逊实验室、芬兰赫尔辛基大学、日本千叶大学、澳门大学等建立长期合作交流与研究平台，并外聘4名国际知名的精神病学专家为兼职教授、3名为客座教授。通过派出学习、联合培养、参加国内外学术会议等形式，培养出一批基础扎实、素质全面、具备独立科研与创新能力的研究队伍。在国内多个学术领域均取得不错成绩。